Для корректной работы - количество сотрудников в обоих системах должно совпадать, и не должно быть сотрудников в одной системе, которые не закреплены в другой системе. Если таковые будут - они будут или проигнорированы системой или же назначены на имя администратора, в зависимости от ситуации.